​     สาธารณรัฐลิทัวเนียเป็นประเทศที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในกลุ่มรัฐบอลติก (Baltic States)* ซึ่งมีสาธารณรัฐเอสโตเนีย (Republic of Estonia) และสาธารณรัฐลัตเวีย (Republic of Latvia) รวมอยู่ด้วย ลิทัวเนียเข้ารวมทางการเมืองกับโปแลนด์ใน ค.ศ. ๑๕๖๙ โดยเรียกชื่อว่า เครือจักรภพสองชาติ (Commonwealth of the Two Nations) หรือที่เรียกกันทั่วไปว่า เครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนีย (Polish-Lithuanian Commonwealth) แม้ลิทัวเนียจะรวมอยู่กับโปแลนด์เป็นเวลาเกือบ ๓ ศตวรรษ แต่ก็มีอำนาจอธิปไตยของตนเองในฐานะเป็นแกรนด์ดัชชีลิทัวเนีย (Grand Duchy of Lithuania) มีกฎหมาย กองทัพ และการคลังของตนเอง ต่อมา เมื่อรัสเซีย ออสเตรีย และปรัสเซียร่วมมือกันแบ่งดินแดนโปแลนด์ใน ค.ศ. ๑๗๗๒, ๑๗๙๓ (เฉพาะรัสเซียกับปรัสเซีย) และ ค.ศ. ๑๗๙๕ โดยรัสเซียได้ครอบครองดินแดนส่วนใหญ่ของลิทัวเนียซึ่งรวมทั้งเมืองวิลนีอัส (Vilnius) ซึ่งเป็นเมืองใหญ่ที่สุดและมีประชากรถึง ๒๕,๐๐๐ คน ลิทัวเนียจึงสูญเสียเอกราชเป็นเวลากว่า ๑๐๐ ปี เมื่อเกิดการปฏิวัติเดือนตุลาคม (October Revolution)* ค.ศ. ๑๙๑๗ ในรัสเซียซึ่งทำให้ราชวงศ์โรมานอฟ (Romanov)* สิ้นสุดอำนาจและรัสเซียเปลี่ยน การปกครองเป็นระบอบสังคมนิยม ลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชได้สำเร็จใน ค.ศ. ๑๙๑๘ แต่ในตอนปลายสงครามโลกครั้งที่ ๒ (Second World War)* สหภาพโซเวียตใช้กำลังผนวกลิทัวเนียเข้าเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของประเทศตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๔๔-๑๙๙๐ โดยเรียกว่าสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตลิทัวเนีย (Lithuania Soviet Socialist Republic)

     ลิทัวเนียตั้งอยู่ในกลางทวีปยุโรปทางชายฝั่งตะวันออกของทะเลบอลติก ชื่อของประเทศเข้าใจกันว่ามาจากคำว่าลิทูอัส (lituus) ซึ่งหมายถึงเครื่องดนตรีทรัมเปตที่ชนพื้นเมืองเล่น ทิศเหนือติดต่อกับลัตเวีย ทิศตะวันออกและทิศใต้ติดต่อกับสาธารณรัฐเบลารุส (Republic of Belarus) ทิศตะวันตกจดทะเลบอลติก ทิศตะวันตกเฉียงใต้ติดต่อกับโปแลนด์และสหพันธรัฐรัสเซีย (Russian Federation) ที่เมืองคาลินกราด (Kalingrad) ซึ่งเป็นฐานทัพเรือของรัสเซียและเขตหวงห้ามทางทหารลิทัวเนียมีเนื้อที่ ๖๕,๒๐๐ ตารางกิโลเมตร พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นที่ราบต่ำซึ่งร้อยละ ๒๕ เป็นป่าสนและเนินทรายและร้อยละ ๗ เป็นบึงหนองและที่ลุ่มน้ำขัง แม่น้ำสายสำคัญและใหญ่ที่สุดคือแม่น้ำเนมูนาส (Nemunas) หรือเนมัน (Neman) นอกจากนี้ลิทัวเนียยังมีทะเลสาบอีก ๓,๐๐๐ แห่งซึ่งส่วนใหญ่อยู่ทางตะวันออกและตะวันออกเฉียงใต้ ภูมิอากาศทั่วไปเป็นลักษณะอากาศแบบภาค พื้นทวีปกับภาคพื้นสมุทรและมีฝนตกมากที่สุดในเดือนสิงหาคม ลิทัวเนียมีประชากร ๓,๕๖๕,๒๐๕ คน ( ค.ศ. ๒๐๐๘) เป็นเชื้อสายลิทัวเนียร้อยละ ๘๓.๔ โปลร้อยละ ๖.๗ รัสเซียร้อยละ ๖.๓ และที่เหลือเป็นเบโลรัสเซีย ยิปซีและชนชาติกลุ่มน้อยอื่น ๆ ที่มาจากรัสเซีย ประชากรส่วนใหญ่ร้อยละ ๗๙ นับถือคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิก ที่เหลือนับถือนิกายรัสเซียออร์ทอดอกซ์นิกายโปรเตสแตนท์และนิกายอื่น ๆ ภาษาลิทัวเนียซึ่งอยู่ในตระกูลอินโด-ยูโรเปียนเป็นภาษาราชการและภาษารัสเซียเป็นภาษาพูดของประชากรร้อยละ ๘๐ อย่างไรก็ตาม ภาษาหลักของการเรียนการสอนใน โรงเรียนและสถาบันการศึกษาระดับต่าง ๆ จะใช้ภาษาลิทัวเนีย ภาษารัสเซีย และภาษาโปล โดยร้อยละ ๘๔ ของผู้เรียนจะใช้ภาษาลิทัวเนีย ร้อยละ ๑๒ ใช้ภาษารัสเซียและร้อยละ ๔ ใช้ภาษาโปล แต่ปัจจุบันมีการใช้ภาษารัสเซียน้อยลง วิลนีอัสซึ่งเป็นเมืองหลวงของประเทศมาตั้งแต่ ค.ศ. ๑๓๒๓ ได้ชื่อว่าเป็นเมืองหลวงที่มีสีสัน ทันสมัยและน่าชมมากที่สุดในกลุ่มเมืองหลวงของประเทศสาธารณรัฐบอลติก เมืองเคานัส (Kaunas)

ซึ่งตั้งอยู่ที่จุดเชื่อมต่อระหว่างแม่น้ำเนมันกับแม่น้ำเนริส (Neris) เป็นเมืองใหญ่อันดับ ๒ ซึ่งระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๒ เยอรมนีและสหภาพโซเวียตใช้เป็นเมืองหลวงชั่วคราว เนื่องจากกรุงวิลนีอุสเสียหายและพังพินาศจากสงครามและการถูกยึดครอง ไคลเปดา (Klaipeda) เป็นเมืองท่าเก่าและเมืองใหญ่อันดับ ๓ ของประเทศ สกุลเงินของประเทศเรียกว่า ลิทาส (litas) ซึ่งเริ่มใช้แทนเงินรูเบิลของรัสเซียมาตั้งแต่ ค.ศ. ๑๙๙๓
     ลิทัวเนียเคยเป็นที่ อยู่อาศัยของชนพื้นเมืองโบราณที่มีชื่อเรียกว่าบอลต์ (Balts) ประมาณ ๓,๐๐๐ ปีก่อนคริสต์ศักราช บรรพบุรุษของชาวลิทัวเนียซึ่งเป็นพวกบอลติกเชื้อสายอินโด-ยูโรเปียนได้อพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐาน และทำการค้าขายอำพันกับพวกโรมัน ลิทัวเนียจัดตั้งเป็นชาติขึ้นใน ค.ศ. ๑๐๐๙ โดยมีหลักฐานที่เป็นลายลักษณ์อักษรจากจารึกของโบสถ์เควดลินบูร์ก (Quedlinburg) ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๑ ลิทัวเนียเป็นดินแดนที่ขึ้นต่ออาณาจักรเคียฟ (Kiev Rus) ของชาวรัสเซีย แต่ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๒ เมื่อเคียฟเกิดปัญหาแตกแยกภายใน ลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสแยกตัวออกจากเคียฟและเริ่มขยายดินแดนออกไปยังพื้นที่ใกล้เคียง ในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๓ มินเดากาส (Mindaugas) ขุนนางท้องถิ่นที่เข้มแข็งได้รวมดินแดนลิทัวเนียเข้าด้วยกันจัดตั้งเป็นแกรนด์ดัชชีลิทัวเนีย และสถาปนาตนเป็นกษัตริย์ใน ค.ศ. ๑๒๕๓ และหันมานับถือคริสต์ศาสนา แต่เมื่อสวรรคตลิทัวเนียก็แตกแยกอีกครั้งหนึ่งและเลิกนับถือคริสต์ศาสนา ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๔ เกไดมินาส (Gediminas) ซึ่งได้เป็นกษัตริย์ปกครองลิทัวเนียใน ค.ศ. ๑๓๑๕ ทรงผูกมิตรกับพวกเยอรมันและขยายอำนาจเข้าไปครอบครองยูเครน (Ukraine) และเบลารุส (Belarus) ซึ่งทำให้ลิทัวเนียมีอาณาเขตกว้างใหญ่ตั้งแต่ทะเลบอลติกจดทะเลดำ เกไดมินาสได้สร้างความสัมพันธ์กับชนชาติยุโรปตะวันตกอื่น ๆ เพื่อให้ลิทัวเนียเป็นที่ยอมรับในชาติตะวันตก พระองค์สนับสนุนให้พ่อค้า ช่างฝีมือ ศิลปินและชาวตะวันตกอาชีพต่าง ๆ เข้ามาตั้งถิ่นฐานในลิทัวเนีย รวมทั้งเข้าเป็นสมาชิกสันนิบาตฮันซา (Hanseatic League) ของกลุ่มพ่อค้าเยอรมันตอนเหนือ ใน ค.ศ. ๑๓๒๓ ทรงสร้างเมืองใหม่ขึ้นรอบ ๆ ปราสาทของพระองค์ซึ่งกลายเป็นเมืองหลวงชื่อวิลนีอัส และเป็นศูนย์กลางด้านวัฒนธรรมที่สำคัญที่สุดในแถบบอลติก
     หลังเกไดมินาสสวรรคต ลิทัวเนียถูกแบ่งให้แก่พระราชโอรสรวม ๗ พระองค์ แต่ปัญหาการแย่งชิงราชสมบัติทำให้ลิทัวเนียในท้ายที่สุดถูกแบ่งเป็น ๒ ส่วนระหว่างเจ้าชายอัลกิร์ดาส (Algirdas) กับเจ้าชายเคสทูทิส (Kestutis) ใน ค.ศ. ๑๓๗๗ เมื่ออัลกิร์ดาสสิ้นพระชนม์และเจ้าชายโยไกดา (Jogaida) พระราชโอรสได้ขึ้นครองบัลลังก์ทรงถูกพระปิตุลาเคสทูทิสแย่งชิงบัลลังก์ได้ใน ค.ศ. ๑๓๘๑ อย่างไรก็ตามใน ค.ศ. ๑๓๘๒ โยไกดาทรงยึดอำนาจคืนได้และทรงจำคุกพระปิตุลาตลอดพระชนม์ชีพ ใน ค.ศ. ๑๓๘๕ โยไกดาทรงยอมรับข้อเสนอของราชอาณาจักรโปแลนด์เพื่ออภิเษกสมรส กับสมเด็จพระราชินีนาถยาดวีกา (Jadwiga) ราชินีองค์ใหม่ซึ่งมีพระชันษาเพียง ๑๑ ปีของโปแลนด์ โดยพระองคต้องเปลี่ยนศาสนาจากรัสเซียออร์ทอดอกซ์ตามพระราชมารดามาเป็นศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิกและให้พลเมืองลิทัวเนียเปลี่ยนศาสนาด้วย ข้อตกลงดังกล่าวนับเป็นจุดหัวเลี้ยวหัวต่อที่สำคัญทางการเมืองของลิทัวเนีย เพราะต่อมาทำให้ลิทัวเนียเข้ารวมกับชาติยุโรปตะวันตกที่เป็นคาทอลิกแทนที่จะรวมกับชาติยุโรปตะวันออกที่เป็นนิกายออร์ทอดอกซ์ และเป็นจุดเริ่มต้นของการแผ่อิทธิพลของโปแลนด์ในลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม ชีวิตคู่ของสองพระองค์ก็ไม่ราบรื่น เพราะพระมเหสีทรงเกลียดชังพระสวามีซึ่งมีพระชนมายุมากกว่า ๒๐ ปี และทรงหาทางออกด้วยการหมกมุ่นกับงานการกุศลพระนางสิ้นพระชนม์หลังมีพระประสูติการพระราชธิดาซึ่งสิ้นพระชนม์ลงด้วย สมเด็จพระราชินีนาถยาดวีกาทรงมอบทรัพย์ส่วนพระองค์ให้ก่อตั้งสถาบันการศึกษาซึ่งต่อมาคือมหาวิทยาลัยโยไกล์เลียน (Jogaillian) ที่มีชื่อเสียง
     อย่างไรก็ดี โยไกดาก็ทรงสามารถรักษาสถานภาพกษัตริย์แห่งโปแลนด์ได้ และเฉลิมพระนามว่าวลาดิสลาฟ ยักเยลโล (Wladislav Jagiello) เมื่อวันที่ ๒ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๓๘๖ ในปีเดียวกันพระองค์ก็บังคับให้พลเมืองลิทัวเนียเปลี่ยนจากการนับถือรูปเคารพและสิ่งศักดิ์สิทธิ์ในธรรมชาติมาเป็นคริสต์ศาสนานิกายโรมันคาทอลิกตามสัญญาที่เคยให้ไว้กับโปแลนด์ลิทัวเนียจึงได้ชื่อว่าเป็นชนชาติป่าเถื่อนสุดท้ายในทวีปยุโรปที่หันมายอมรับคริสต์ศาสนา ขณะเดียวกันก็ทรงให้วีเทาทัส (Vytautas) พระญาติดำรงตำแหน่งแกรนด์ดุ๊กลิทัวเนีย ( ค.ศ. ๑๓๙๒-๑๔๓๐) โปแลนด์กับลิทัวเนียมีศัตรูร่วมกันคือพวกเยอรมันทิวทอนิก วลาดิสลาฟและวีเทาทัสจึงผนึกกำลังของชาวโปลและลิทัวเนียทำสงครามกับพวกมองโกลและเยอรมันทิวทอนิกจนมีชัยชนะอย่างเด็ดขาดในยุทธการที่ซัลกิริส (Zalgiris) หรือแทนเนนเบิร์ก (Tannenberg) ใน ค.ศ. ๑๔๑๐ หลังยุทธการครั้งนี้วีเทาทัสพยายามเคลื่อนไหวที่จะเป็นอิสระทางการทูตและการเมืองจากโปแลนด์รวมทั้งสถาปนาพระองค์ขึ้น

เป็นประมุขของลิทัวเนีย จักรพรรดิซิกิสมุนด์ (Sigismund ค.ศ. ๑๔๑๐-๑๔๓๗) แห่งราชวงศ์ลักเซมเบิร์กทรงสนับสนุนพระองค์ แต่ประสบความล้มเหลวเพราะขุนนางโปแลนด์และสันตะปาปามาร์ตินที่ ๕ (Martin V) ต่อต้าน อย่างไรก็ตาม การเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชของวีเทาทัสทำให้พระองค์ได้รับการยกย่องเป็นมหาราชในเวลาต่อมาและนักชาตินิยมชาวลิทัวเนียในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ ถือว่าพระองค์เป็นวีรบุรุษคนสำคัญของชาติที่จุดประกายของการสร้างสำนึกของความเป็นชาติให้เกิดขึ้นในประวัติศาสตร์ลิทัวเนีย
     ในคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ ในรัชสมัยพระเจ้าอีวานที่ ๓ (Ivan III ค.ศ. ๑๔๖๒-๑๕๐๕) หรือซาร์อีวาน มหาราช (Ivan the Great) นครมอสโกได้ประกาศตนเป็นเอกราชจากมองโกลและรวมนครอื่น ๆ เข้ากับมอสโกจัดตั้งเป็นอาณาจักรมัสโควี (Moscovy) ขึ้นอาณาจักรมัสโควีเริ่มขยายอำนาจและดินแดนเข้าไปในยุโรปตะวันออกและบริเวณรอบคาบสมุทรไครเมียในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๖ การขยายอำนาจดังกล่าวจึงคุกคามความมั่นคงของโปแลนด์และลิทัวเนีย ใน ค.ศ. ๑๕๖๙ โปแลนด์และลิทัวเนียทำข้อตกลงทางการเมืองในสนธิสัญญาสหภาพแห่งลูบิน (Treaty Union of Lubin) จัดตั้งการปกครองแบบสหพันธรัฐที่เรียกว่าเครือจักรภพสองชาติหรือเครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนียขึ้น โดยถือว่าราชอาณาจักรโปแลนด์และแกรนด์ดัชชีลิทัวเนียเป็นชาติและรัฐเดียวกันและมีคราคูฟ (Kraków) เป็นเมืองหลวง แต่ลิทัวเนียยังคงสถานภาพเป็นแกรนด์ดัชชีลิทัวเนีย และมีอำนาจการปกครองตนเอง เบลารุสซึ่งอยู่ใต้อำนาจของลิทัวเนียพยายามขัดขวางการรวมตัวดังกล่าวเพราะหวาดกลัวว่าโปแลนด์จะเข้ามามีอำนาจและอิทธิพลในเบลารุสแต่ก็ประสบความล้มเหลว ในช่วงการรวมตัวเป็นเครือจักรภพกว่า ๒๐๐ ปี ขุนนางและชนชั้นสูงลิทัวเนียต่างถูกหลอมกลืนเข้ากับสังคมและวัฒนธรรมโปแลนด์จนไม่ใส่ใจต่อภาษาและวัฒนธรรมลิทัวเนีย ในขณะที่ชาวนาซึ่งเป็นพลเมืองส่วนใหญ่ยังคงยึดมั่นในจารีตประเพณีและวัฒนธรรมเดิมอย่างเหนียวแน่นทั้งปฏิเสธที่จะใช้ภาษาโปแลนด์ด้วย อย่างไรก็ตามในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๘ ลิทัวเนียซึ่งเผชิญปัญหาการเมืองภายในและความอ่อนแอของผู้ปกครองจึงถูกโปแลนด์ผนวกเข้าเป็นดินแดนส่วนหนึ่งของตนในที่สุด
     ในกลางคริสต์ศตวรรษที่ ๑๘ เมื่อพระเจ้าออกัสตัสที่ ๓ (Augustus III) แห่งโปแลนด์เสด็จสวรรคตใน ค.ศ. ๑๗๖๓ และจำเป็นต้องเลือกกษัตริย์พระองค์ใหม่ซารีนาแคเทอรีนที่ ๒ หรือแคเทอรีนมหาราช (Catherine the Great ค.ศ. ๑๗๖๒-๑๗๙๖)* แห่งรัสเซียจึงเห็นเป็นโอกาสเข้าแทรกแซงโดยสนับสนุนเจ้าชายสตานีสลาฟ ปอเนียตอฟสกี (Stanislaw Poniatowsky) ซึ่งเป็นชู้รักคนหนึ่งของพระนางให้ได้รับเลือกเป็นกษัตริย์แห่งโปแลนด์ พระนางยังดำเนินนโยบายตามแนวทางของซาร์ปีเตอร์มหาราช (Peter the Great ค.ศ. ๑๖๘๒-๑๗๒๕) ด้วยการขยายพรมแดนเข้าไปในโปแลนด์และจักรวรรดิออตโตมัน (Ottoman Empire)* หรือตุรกีซารีนาแคเทอรีนทรงเชิญปรัสเซียและออสเตรียให้มีส่วนร่วมในการแบ่งดินแดนโปแลนด์ใน ค.ศ. ๑๗๗๒, ๑๗๙๓ และ ค.ศ. ๑๗๙๕ ในการแบ่งดินแดนโปแลนด์ครั้งที่ ๒ ระหว่างปรัสเซียกับรัสเซียใน ค.ศ. ๑๗๙๓ รัสเซียได้ดินแดนส่วนใหญ่ของแกรนด์ดัชชีลิทัวเนีย และต่อมาก็ได้ส่วนที่เหลือของลิทัวเนียยกเว้นบางส่วนทางตะวันตกที่เป็นของปรัสเซีย ในการแบ่งโปแลนด์ครั้งที่ ๓ ใน ค.ศ. ๑๗๙๕ ทั้งโปแลนด์และลิทัวเนียจึงถูกลบหายไปจากแผนที่ของยุโรปไปช่วงเวลาหนึ่ง ลิทัวเนียได้กลายเป็นจังหวัดหนึ่งของจักรวรรดิรัสเซีย
     ในต้นคริสต์ศตวรรษที่ ๑๙ เมื่อจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ (Napoleon I ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๕)* แห่งจักรวรรดิฝรั่งเศสยกทัพบุกรัสเซียโดยใช้เส้นทางผ่านรัฐแซกโซนีและโปแลนด์ใน ค.ศ. ๑๘๑๒ โปแลนด์และลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชโดยขอให้ฝรั่งเศสสนับสนุน แต่ประสบความล้มเหลวเพราะจักรพรรดินโปเลียนที่ ๑ ซึ่งทรงยึดกรุงมอสโกต้องถอยทัพกลับฝรั่งเศสเนื่องจากปัญหาขาดเสบียงอาหารและไม่อาจเผชิญกับอากาศที่หนาวจัดของรัสเซียได้ หลังการพ่ายแพ้ของฝรั่งเศสในสงครามนโปเลียน (Napoleonic Wars ค.ศ. ๑๘๐๔-๑๘๑๕)* ประเทศมหาอำนาจได้จัดการประชุมใหญ่แห่งเวียนนา (Congress of Vienna ค.ศ. ๑๘๑๔-๑๘๑๕)* เพื่อสร้างดุลแห่งอำนาจ และการแบ่งเขตแดนของยุโรปใหม่ ดินแดนลิทัวเนียทางตะวันตกซึ่งรวมอยู่กับปรัสเซียใน ค.ศ. ๑๗๙๕ ถูกผนวกเข้ากับโปแลนด์ซึ่งจัดตั้งเป็นแกรนด์ดัชชีวอร์ซอขึ้นโดยให้รัสเซียปกครอง ส่วนดินแดนลิทัวเนียที่เหลืออยู่ก็ยังคงถือเป็นจังหวัดหนึ่งของรัสเซียตามเดิม
     เมื่อเกิดการปฏิวัติเดือนกรกฎาคม (July Revolution)* ค.ศ. ๑๘๓๐ ขึ้นในฝรั่งเศสซึ่งทำให้พระเจ้าหลุยส์ ฟิลิป (Louis Philippe ค.ศ. ๑๘๓๐-๑๘๔๘)* แห่งราชวงศ์ออร์เลออง (Orléans) ก้าวสู่อำนาจ ลิทัวเนียซึ่งได้แรงบันดาลใจจากการปฏิวัติฝรั่งเศสจึงก่อกบฏต่อต้านรัสเซียขึ้นใน ค.ศ. ๑๘๓๑ แต่ประสบความล้มเหลว หลังการกบฏครั้งนี้ ซาร์นิโคลัสที่ ๑ (Nicholas I ค.ศ. ๑๘๒๕-๑๘๕๕)* ทรงเพิ่มมาตรการเข้มงวด มากขึ้นในนโยบายเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบรัสเซีย (Russification) เพื่อทำลายอิทธิพลของโปแลนด์ในลิทัวเนีย รวมทั้งสั่งปิดสถาบันการศึกษาที่ ใช้ภาษาโปลในลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม เมื่อโปแลนด์ก่อกบฏต่อรัสเซียอีกครั้งใน ค.ศ. ๑๘๖๓ ลิทัวเนียก็เคลื่อนไหวต่อต้านรัสเซียด้วยและถูกปราบปรามอย่างรุนแรง ซาร์อะเล็กซานเดอร์ที่ ๒ (Alexander II ค.ศ. ๑๘๕๕-๑๘๘๑)* ทรงห้ามการใช้ภาษาลิทัวเนียในโรงเรียนและการพิมพ์เผยแพร่หนังสือและวารสารด้วยตัวอักษรโรมันรวมทั้งควบคุมโบสถ์และวัดคาทอลิกซึ่งเชื่อว่าเป็นศูนย์ปลุกระดมและการต่อต้าน แต่การควบคุมศาสนจักรและการห้ามใช้ภาษาลิทัวเนียได้นำไปสู่การเคลื่อนไหวต่อต้าน ใต้ดินและปลุกจิตสำนึกของความรักชาติให้เกิดขึ้นมอทีเอยุส วาลานชุส (Motiejus Valancius) บิชอปแห่งซาโมจิเชีย (Samogitia) ซึ่งเป็นนักเขียนวรรณกรรมคลาสสิกด้วยเป็นผู้นำการเคลื่อนไหวที่สำคัญ เขาจัดพิมพ์งานเขียนงานวิจัยด้านประวัติศาสตร์ เทววิทยาและวรรณคดีในดินแดนปรัสเซียตะวันออกและลักลอบนำเข้ามาเผยแพร่ในลิทัวเนีย ขณะเดียวกันก็มีการสร้างเครือข่ายความรู้ด้วยการตั้งโรงเรียนลับตามบ้านและฟาร์มชาวนาเพื่อสอนภาษาและวัฒนธรรมลิทัวเนีย ใน ค.ศ. ๑๘๘๓ มีการจัดทำวารสารการเมืองฉบับแรกชื่อ The Dawn เพื่อปลุกจิตสำนึกทางการเมืองและความรักชาติในหมู่ปัญญาชน และเป็นสื่อเชื่อมโยงทางความคิดกับประชาชนทั้งนำไปสู่การจัดทำวารสารและจุลสารใต้ดินอีกหลายฉบับ แต่ The Dawn ก็ปิดตัวลงในปลายทศวรรษ ๑๘๘๐ เนื่องจากพวกพระต่อต้านเพราะเนื้อหาในระยะหลัง ๆ มักต่อต้านศาสนาและสนับสนุนแนวความคิดสังคมนิยมการเคลื่อนไหวทางความคิดดังกล่าวทำให้ปัญญาชนลิทัวเนียที่สำเร็จการศึกษาจากรัสเซียโปแลนด์ และประเทศตะวันตกเริ่มเข้าร่วมในการเคลื่อนไหวมากขึ้นตามลำดับและนำไปสู่การจัดตั้งพรรคการเมืองสำคัญคือ พรรคสังคมนิยมลิทัวเนีย (Lithuanian Socialist Party) และพรรคสังคมประชาธิปไตยลิทัวเนีย (Lithuania Social Democratic Party) ใน ค.ศ. ๑๘๙๖ และพรรคประชาธิปไตยคริสเตียนลิทัวเนีย (Lithuanian Christian Democrats Party) ใน ค.ศ. ๑๙๐๔
     เมื่อเกิดสงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น (Russo-Japanese War ค.ศ. ๑๙๐๔-๑๙๐๕)* ซึ่งส่งผลกระทบต่อการเมืองและสังคมภายในรัสเซีย ลิทัวเนียเห็นเป็นโอกาสเรียกร้องให้รัสเซียยกเลิกการห้ามพิมพ์เผยแพร่สิ่งพิมพ์ภาษาลิทัวเนียซึ่งก็ประสบความสำเร็จ นอกจากนี้ปัญญาชนชาตินิยมยังใช้เงื่อนไขความผันผวนทางการเมืองในรัสเซียที่สืบเนื่องจากเหตุการณ์วันอาทิตย์นองเลือด (Bloody sunday)* ในต้นเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๐๕ เคลื่อนไหวเรียกร้องสิทธิในการปกครองตนเองในเดือนตุลาคม กลุ่มการเมืองต่าง ๆ รวมทั้งผู้แทนรัฐบาลส่วนท้องถิ่นและองค์การทางสังคมรวม ๒,๐๐๐ คน ได้จัดประชุมสภาแห่งชาติครั้งแรกขึ้นที่กรุงวิลนีอัสเพื่อร่างข้อเรียกร้องทางการเมืองอย่างสันติเสนอต่อรัสเซีย ซาร์นิโคลัสที่ ๒ (Nicholas II ค.ศ. ๑๘๙๔-๑๙๑๗)* ซึ่งกำลังเผชิญกับวิกฤตการณ์ทางเมืองที่เป็นผลสืบเนื่องจากการปฏิวัติ ค.ศ. ๑๙๐๕ (Revolution of 1905)* ทรงใช้นโยบายผ่อนปรนต่อลิทัวเนีย ยอมให้ใช้ภาษาลิทัวเนียเป็นภาษาราชการในการปกครองส่วนท้องถิ่นและให้ยกเลิกการบังคับเกณฑ์ชายฉกรรจน์ลิทัวเนียเป็นทหารในกองทัพรัสเซีย ทั้งให้มีผู้แทนลิทัวเนียในสภาดูมา (Duma)* อย่างไรก็ตามเมื่อซาร์นิโคลัสที่ ๒ ทรงควบคุมสถานการณ์ทางการเมืองและสังคมได้ รัสเซียก็ยกเลิกข้อผ่อนปรนต่อลิทัวเนียและปราบปรามขบวนการปัญญาชนลิทัวเนียอย่างเด็ดขาดซึ่งทำให้ปัญญาชนและนักปฏิวัติจำนวนไม่น้อยถูกคุมขังและเนรเทศไปไซบีเรียหรือถูกบีบบังคับให้เดินทางออกนอกประเทศ
     ในระหว่างสงครามโลกครั้งที่ ๑ เยอรมนีได้เข้ายึดครองลิทัวเนียในกลาง ค.ศ. ๑๙๑๕ พลเมืองลิทัวเนียกว่า ๓๐๐,๐๐๐ คน หลบหนีเข้าไปในรัสเซียและจัดตั้งชุมชนและองค์การทางการเมืองขึ้นเพื่อเคลื่อนไหวต่อต้านเยอรมันหลังการปฏิวัติเดือนกุมภาพันธ์ (February Revolution)* ค.ศ. ๑๙๑๗ รัสเซียปกครองแบบทวิอำนาจ (dual power) ระหว่างรัฐบาลเฉพาะกาลกับสภาโซเวียต แม้เจ้าชายเกรกอรี ลวอฟ (Gregory Lvov)* ผู้นำรัฐบาลเฉพาะกาลจะทรงสนับสนุนการเคลื่อนไหวทางการเมืองของลิทัวเนียทั้งยอมรับการจัดตั้งคณะกรรมาธิการเฉพาะกาลเพื่อปกครองลิทัวเนีย (Provisional Committee For Governing Lithuania) แต่ก็ไม่ดำเนินการใด ๆ ในทางปฏิบัติ สภาโซเวียตก็ใช้ประเด็นการเคลื่อนไหวเพื่อปกครองตนเองของลิทัวเนียสร้างภาพลักษณ์ให้ตนเองด้วยการโฆษณาสนับสนุนการเคลื่อนไหวดังกล่าว ต่อมา กลุ่มการเมืองต่าง ๆ ของลิทัวเนียก็จัดประชุมใหญ่ผู้แทนลิทัวเนียขึ้นที่กรุงเปโตรกราด เมื่อวันที่ ๒๗ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๑๗ และมีมติให้ลิทัวเนียเรียกร้องการเป็นเอกราชอย่างสมบูรณ์ แต่ผู้แทนพรรคการเมืองฝ่ายซ้ายซึ่งมีพรรคสังคมนิยมลิทัวเนียเป็นแกนนำคัดค้านเพราะยังคงต้องการผูกความสัมพันธ์กับรัสเซียอยู่ อย่างไรก็ตาม หลังการปฏิวัติเดือนตุลาคม (October Revolution)* ค.ศ. ๑๙๑๗ รัฐบาลโซเวียตได้ออกคำประกาศว่าด้วยสิทธิของประชาชาติรัสเซียในการเลือกกำหนดการปกครองด้วยตนเอง (Declaration of Rights of People of Russia to Self-Determination) เมื่อวันที่ ๒ พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๗ คำประกาศดังกล่าวได้นำไปสู่การจัดตั้งสภาสูงสุดลิทัวเนีย (Lithunian Supreme Council) ขึ้น และมีการประกาศความเป็นเอกราชของลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๑๖ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๑๘ โดยที่กองทหารเยอรมันยังคงยึดครองลิทัวเนียอยู่
     เมื่อรัสเซียถอนตัวออกจากสงครามด้วยการยอมลงนามในสนธิสัญญาเบรสต์-ลิตอฟสค์ (Brest- Litovsk)* กับประเทศมหาอำนาจกลาง (Central Powers)* เมื่อวันที่ ๓ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ โดยต้องสละสิทธิ การปกครองในโปแลนด์ ฟินแลนด์ เอสโตเนีย ลิทัวเนีย และลัตเวีย รวมทั้งต้องยกดินแดนบางส่วนในทรานส์คอเคเซีย (Transcaucasia) ให้แก่ตุรกีและอื่น ๆ ลิทัวเนียได้เปิดการเจรจากับเยอรมนีเกี่ยวกับสถานภาพของตนและยอมรับเงื่อนไขที่ว่าไกเซอร์วิลเลียมที่ ๒ (William II ค.ศ. ๑๘๘๘-๑๙๑๘)* จะทรงรับรองสถานภาพความเป็นรัฐอธิปไตยของลิทัวเนียโดยลิทัวเนียต้องเป็นพันธมิตรกับเยอรมนี เยอรมนีจึงประกาศรับรองความเป็นเอกราชของลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๒๓ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ แต่ประเทศอื่น ๆ ยังปฏิเสธที่จะรับรองสถานภาพของลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม เมื่อเยอรมนีพ่ายแพ้ในสงครามและต้องยอมลงนามในสนธิสัญญาการสงบศึก (Armistice)* ที่เมืองกงเปียญ (Compiègne) เมื่อวันที่ ๑๑ พฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๘ สวีเดนเป็นประเทศแรกหลังสงครามที่ยอมรับสถานภาพความเป็นเอกราชของลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๑๒ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๑๘ สหภาพโซเวียตและประเทศตะวันตกอื่น ๆ เริ่มทยอยรับรองเอกราชของลิทัวเนียระหว่าง ค.ศ. ๑๙๒๐-๑๙๒๑ ใน ค.ศ. ๑๙๒๑ ลิทัวเนียก็เข้าเป็นสมาชิกขององค์การสันนิบาตชาติ (League of Nations)*
     ในช่วงปลายสงครามขณะที่ยังไม่มีประเทศใดยอมรับเอกราชของลิทัวเนียยกเว้นเยอรมนี สหภาพโซเวียตซึ่งเห็นว่าเยอรมนีกำลังถอนกำลังออกจากลิทัวเนียก็ส่งกองทัพแดง (Red Army)* เข้ายึดดินแดนทางตะวันออกของลิทัวเนียในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๑๘ และสนับสนุนพรรคการเมืองฝ่ายซ้ายที่สนับสนุนโซเวียตให้จัดตั้งรัฐบาลเฉพาะกาลขึ้น ในขณะเดียวกัน โปแลนด์ซึ่งได้รับการจัดตั้งเป็นประเทศ ขึ้นใน ค.ศ. ๑๙๑๙ โดยมีโยเซฟ ปีลซุดสกี (Józef Pilsudski)* นักสังคมนิยมและผู้นำชาตินิยมโปแลนด์เป็นผู้นำก็เคลื่อนกำลังเข้าแย่งชิงดินแดนลิทัวเนียที่ โปแลนด์อ้างว่าเป็นของตนตั้งแต่ ค.ศ. ๑๕๖๙ ตามข้อตกลงในสนธิสัญญาสหภาพแห่งลูบิน นอกจากนี้กองกำลังฝ่ายรัสเซียขาวซึ่งมีปาเวล เบียร์มอนต์-อวาลอฟ (Pavel Bermont-Avalov) เป็นแม่ทัพก็ยกกำลังเข้ายึดครองลิทัวเนียตะวันตก ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๑๘-๑๙๒๒ ลิทัวเนียต้องทำสงครามที่ เรียกกันว่า "สงครามเพื่ออิสรภาพ" (freedom wars) และจัดตั้งกองทัพแห่งชาติลิทัวเนีย (Lithuanian National Army) ขึ้นเพื่อปกป้องดินแดนที่ เพิ่งได้เอกราชจากการคุกคามของโปแลนด์สหภาพโซเวียตและฝ่ายรัสเซียขาว ในกลาง ค.ศ. ๑๙๒๐ กองทัพแห่งชาติลิทัวเนียก็สามารถขับไล่ฝ่ายรัสเซียขาวออกไปได้และมีชัยชนะต่อกองทัพแดง สหภาพโซเวียตซึ่งกำลังติดพันกับสงครามรัสเซีย-โปแลนด์จึงหาทางยุติความขัดแย้งด้วยการลงนามในสนธิสัญญาสันติภาพกับลิทัวเนียเมื่อวันที่ ๙ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๒๐ โดยยอมรับรองเอกราชของลิทัวเนียและถอนสิทธิการครอบครองดินแดนลิทัวเนียทั้งหมด ส่วนโปแลนด์ซึ่งได้กรุงวิลนีอัสและพื้นที่รายรอบก็ยึดครองดินแดนดังกล่าวจนถึง ค.ศ. ๑๙๓๙ โดยอ้างว่าวิลนีอัสเคยเป็นของโปแลนด์มาก่อน และมีชาวโปลอาศัยอยู่เป็นจำนวนมากในขณะที่มีชาวลิทัวเนียเพียงร้อยละ ๒ เท่านั้น องค์การสันนิบาตชาติซึ่งพยายามไกล่เกลี่ยความขัดแย้งระหว่างลิทัวเนียกับโปแลนด์ได้ตัดสินให้โปแลนด์ปกครองวิลนีอัส ลิทัวเนียจึงประกาศตัดความสัมพันธ์ทางการทูตกับโปแลนด์และยังคงอ้างสิทธิของลิทัวเนียทางประวัติศาสตร์เหนือกรุงวิลนีอัสจนถึงช่วงต้นสงครามโลกครั้งที่ ๒ เมืองเคานาสจึงกลายเป็นเมืองหลวงชั่วคราวของชาติลิทัวเนีย
     ในการประชุมสันติภาพที่กรุงปารีส (Paris Peace Conference)* ในต้น ค.ศ. ๑๙๑๙ เยอรมนีซึ่งถูกประเทศมหาอำนาจที่ ชนะสงครามบังคับให้ลงนามในสนธิสัญญาแวร์ซาย (Treaty of Versailles)* ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๑๙ ต้องเสียดินแดนลิทัวเนียที่ เรียกว่า ไคลเปดาหรือเมเมล (Memel) ให้แก่ฝรั่งเศสปกครอง ลิทัวเนียต่อต้านและพยายามเคลื่อนไหวเรียกร้องดินแดนดังกล่าวกลับคืนแต่ล้มเหลวและสันนิบาตชาติก็ตัดสินให้ผรั่งเศสได้ปกครองเมเมล อย่างไรก็ตาม เมื่อเกิดวิกฤตการณ์ยึดแคว้นรูร์ (Rhur) ในเยอรมนี ค.ศ. ๑๙๒๓ ซึ่งสืบเนื่องจากเยอรมนีไม่สามารถชำระค่าปฏิกรรมสงครามให้แก่ฝรั่งเศสได้ตามพันธสัญญาลิทัวเนียจึงใช้สถานการณ์ระหว่างประเทศให้เป็นประโยชน์ด้วยการลุกฮือเข้าแย่งชิงไคลเปดาจากฝรั่งเศสและผนวกเข้าเป็นดินแดนของตนได้สำเร็จในเดือน พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๒๔ แต่เมื่ออดอล์ฟ ฮิตเลอร์ (Adolf Hitler ค.ศ. ๑๘๘๙-๑๙๔๕)* ผู้นำพรรคแรงงานสังคมนิยมแห่งชาติเยอรมันหรือพรรคนาซี (National Socialist German Worker’s Party - NSDAP; Nazi Party)* ขยายอำนาจเข้าคุกคามยุโรป ฮิตเลอร์ได้บีบบังคับลิทัวเนียให้คืนไคลเปดาแก่เยอรมนีในต้น ค.ศ. ๑๙๓๙
     หลังการรับรองความเป็นเอกราชจากนานาชาติลิทัวเนียประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับแรกในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๒๒ โดยปกครองในระบอบสาธารณรัฐระบบสภาเดียว รัฐสภาหรือเซมาส (Seimas) ซึ่งเลือกตั้งทุก ๓ ปี เลือกประธานาธิบดี และประธานาธิบดีแต่งตั้งนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐบาลที่ขึ้นต่อรัฐสภา รัฐธรรมนูญให้สิทธิชนชาติส่วนน้อยในประเทศคงไว้ซึ่งภาษาและวัฒนธรรมของตนเอง ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๒๒-๑๙๒๖ ลิทัวเนียมีรัฐบาลผสมบริหารประเทศ ๗ ชุด และพรรคการเมืองสำคัญคือพรรคประชาธิปไตยคริสเตียน (Christian Democratic Party) ซึ่งมีนโยบายสายกลางมักเป็นแกนสำคัญในการจัดตั้งรัฐบาล แต่ปัญหาการมีพรรคการเมืองจำนวนมากก็ทำให้รัฐบาลขาดเสถียรภาพ ใน ค.ศ. ๑๙๒๖ พรรคฝ่ายซ้ายสายกลางคือ พรรคปอบปูลิสต์ (Populist Party) กับพรรคสังคมประชาธิ ปไตย (Social Democratic Party) และพรรคการเมืองเล็ก ๆ ของชนชาติกลุ่มน้อยสามารถจัดตั้งรัฐบาลผสมขึ้นปกครองประเทศได้เนื่องจากพรรคประชาธิปไตยคริสเตียนพัวพันกับเรื่องอื้อฉาวทางการเมือง แต่รัฐบาลผสมซึ่งบริหารประเทศได้ไม่ถึง ๖ เดือนก็ถูกกองทัพก่อรัฐประหารโค่นอำนาจเมื่อวันที่ ๑๗ ธันวาคม ค.ศ. ๑๙๒๖ ฝ่ายศาสนจักรและกองทัพรวมทั้งพรรคประชาธิปไตยคริสเตียนสนับสนุนให้อันตานัส สเมตอนา (Antanas Smetona) ผู้นำพรรคพันธมิตรชาตินิยม (Alliance of Nationalists Party) ซึ่งเคยดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีคนแรกของลิทัวเนียขึ้นเป็นผู้นำประเทศ อีกครั้งหนึ่ง สเมตอนาสัญญาที่จะบริหารปกครองตามรัฐธรรมนูญและร่วมมือกับกลุ่มการเมืองต่าง ๆ โดยเฉพาะพรรคประชาธิปไตยคริสเตียน แต่ในเวลาอันสั้นเขาก็ปกครองแบบเผด็จการและห้ามพรรคการเมืองอื่น ๆ มีส่วนร่วมในการปกครองรวมทั้งควบคุมสื่อมวลชนตลอดจนเสนอแก้ไขรัฐธรรมนูญใน ค.ศ. ๑๙๒๘ และ ค.ศ. ๑๙๓๘ เพื่อทอนอำนาจของรัฐสภาและให้ ประธานาธิบดีมีอำนาจมากขึ้น อำนาจเผด็จการของสเมตอนาทำให้มีการคบคิดและพยายามโค่นอำนาจเขาหลายครั้งแต่ล้มเหลว
     ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๒๐-๑๙๓๐ ลิทัวเนียประสบความสำเร็จพอสมควรในการแก้ปัญหาความยากจนและเศรษฐกิจที่ล้าหลังด้วยการปฏิรูปที่ดินและการเกษตรกรรม รวมทั้งเริ่มพัฒนาอุตสาหกรรมด้านเนื้อสัตว์และฟาร์มโคนมจนกลายเป็นอุตสาหกรรมพื้นฐานที่นำรายได้มาให้ประเทศอย่างมากในเวลาต่อมา ความสำเร็จของการปฏิรูปที่ดินยังทำให้ชาวนาหันมาภักดีและสนับสนุนรัฐบาล ทั้งทำให้การโฆษณาชวนเชื่อของพรรคคอมมิวนิสต์ในการจัดตั้งระบอบสังคมนิยมแบบโซเวียตแทบจะไม่มีอิทธิพลทางความคิดในสังคม นอกจากนี้ รัฐยังประสบความสำเร็จด้านการกำจัดความไม่รู้หนังสือและส่งเสริมการศึกษาด้วยการจัดตั้งโรงเรียนและสถาบันการศึกษาระดับสูงสาขาต่าง ๆ โดยเฉพาะด้านเกษตรกรรมและเทคโนโลยี อย่างไรก็ตาม เมื่อสเมตอนาก้าวสู่อำนาจทางการเมือง เขาเพิ่มงบประมาณด้านการป้องกันประเทศและการทหารเพื่อเสริมสร้างฐานอำนาจให้เข้มแข็ง นโยบายดังกล่าวมีผลกระทบต่อการพัฒนาเศรษฐกิจ และโดยเฉพาะเมื่อเกิดภาวะเศรษฐกิจตกต่ำครั้งใหญ่ (Great Depression)* ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๒๙-๑๙๓๒ ค่าเงินที่ลดลงและการขาดดุลทางการค้าทำให้รัฐบาลต้องหันมาทบทวนนโยบายเศรษฐกิจโดยรัฐสนับสนุนด้านการลงทุนมากขึ้น
     เมื่อเยอรมนีเริ่มนโยบายการผนวกออสเตรียเข้ากับเยอรมนี (Anschluss)* ใน ค.ศ. ๑๙๓๘ ฝ่ายกองทัพซึ่งตระหนักถึงความจำเป็นที่ ต้องแสวงหาพันธมิตรจึงกดดันให้ประธานาธิบดีสเมตอนาปรับความสัมพันธ์ กับโปแลนด์ และถอดถอนนายกรัฐมนตรีผู้เป็นพี่เขยที่ต่อต้านโปแลนด์ออกจากตำแหน่ง การปรับความสัมพันธ์ดังกล่าวทำให้ลิทัวเนียจำยอมรับสิทธิของโปแลนด์เหนือกรุงวิลนีอัสและมีผลให้ความนิยมต่อประธานาธิบดีลดน้อยลง ในต้น ค.ศ. ๑๙๓๘ ฮิตเลอร์เรียกร้องให้ลิทัวเนียคืนไคลเปดาแก่เยอรมนีและเคลื่อนกำลังเข้ายึดครองพื้นที่ดังกล่าวเมื่อวันที่ ๒๒ มีนาคม ในกลางปีเดียวกันเยอรมนีซึ่งเตรียมก่อสงครามได้ลงนามในกติกาสัญญาไม่รุกรานกันระหว่างนาซี-โซเวียต (Nazi-Soviet Non-aggression Pact)* หรือที่เรียกว่ากติกาสัญญา ริบเบนทรอพ-โมโลตอฟ (Ribbentrop-Molotov Pact)* เมื่อวันที่ ๒๓ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๓๙ เคานต์ โยอาคิม ฟอน ริบเบนทรอพ (Count Joachim von Ribbentrop)* รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศเยอรมันยังทำพิธีสารลับเพิ่มเติม (Secret Supplementary Protocol) กับโจเซฟ สตาลิน (Josepf Stalin ค.ศ. ๑๘๗๙-๑๙๕๓)* ผู้นำสหภาพโซเวียตโดยยอมให้สหภาพโซเวียตครอบครองดินแดนส่วนใหญ่ของโปแลนด์ตะวันออก ฟินแลนด์ ลัตเวีย เอสโตเนีย และลิทัวเนียและเยอรมนีจะยึดครองส่วนที่ เหลือของโปแลนด์ทั้งหมดต่อมา เมื่อเยอรมนีบุกโปแลนด์ในวันที่ ๑ กันยายน ค.ศ. ๑๙๓๙ ลิทัวเนีย ลัตเวีย และเอสโตเนียประกาศนโยบายเป็นกลาง ในวันที่ ๙ กันยายน เยอรมนีเข้ายึดครองวิลนีอัสที่โปแลนด์ครอบครอง และเรียกร้องให้ลิทัวเนียเข้าเป็นพันธมิตรกับเยอรมนีแต่ลิทัวเนียปฏิเสธที่จะปฏิบัติตาม
     หลังสหภาพโซเวียตบุกโปแลนด์เมื่อวันที่ ๑๗ กันยายน เยอรมนีได้ตกลงกับสหภาพโซเวียตโดยแลกวิลนีอัสกับเมืองลูบินและบางส่วนของวอร์ซอ ข้อตกลงดังกล่าวมีนัยว่าเยอรมนียินดียกลิทัวเนียให้แก่สหภาพโซเวียต สหภาพโซเวียตจึงบีบบังคับให้ลิทัวเนียยอมลงนามในกติกาความช่วยเหลือซึ่งกันและกัน (Pact of Mutual Assistance) เมื่อวันที่ ๑๐ ตุลาคม ค.ศ. ๑๙๓๙ โดยสหภาพโซเวียตส่งทหาร ๒๐,๐๐๐ คนเข้ามา ประจำการในลิทัวเนีย ในปีต่อมา สหภาพโซเวียตสร้างสถานการณ์เพื่อเข้ายึดครองลิทัวเนียโดยกล่าวหาว่าลิทัวเนียจัดตั้งพันธมิตรทางทหารของกลุ่มรัฐบอลติกขึ้นต่อต้านสหภาพโซเวียตและลักตัวทหารโซเวียตที่ประจำการในฐานทัพลิทัวเนียรวมทั้งติดต่อกับเยอรมนีเพื่อขอความช่วยเหลือ เวียเชสลัฟ มีไฮโลวิช โมโลตอฟ (Vyacheslav Michailovich Molotov)* รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศโซเวียตยื่นคำขาดให้มีการจัดตั้งรัฐบาลชุดใหม่ที่จะค้ำประกันกติกาสัญญา ค.ศ. ๑๙๓๙ และให้สหภาพโซเวียตเพิ่มกำลังทหารประจำการในลิทัวเนีย ประธานาธิบดีสเมตอนาเรียกร้องให้จับอาวุธต่อต้านสหภาพโซเวียตแต่ฝ่ายกองทัพไม่เห็นด้วยเพราะตระหนักว่าไม่แข็งแกร่งพอที่จะต่อสู้และต้องการหลีกเลี่ยงการนองเลือด ระหว่างวันที่ ๑๕-๑๗ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๐ กองทัพแดงได้เคลื่อนกำลังเข้ายึดครองลิทัวเนีย และในช่วงเวลาเดียวกันก็ยึดครองลัตเวียและเอสโตเนียด้วย สเมตอนาจึงลาออกจากตำแหน่งและลี้ภัยไปสหรัฐอเมริกา เขาถึงแก่อสัญกรรมที่รัฐแคลิฟอร์เนียใน ค.ศ. ๑๙๔๔
     สหภาพโซเวียตจัดตั้งรัฐบาลประชาชนขึ้นบริหารประเทศและให้ดำเนินการเลือกตั้งรัฐสภาประชาชนขึ้นระหว่างวันที่ ๑๔-๑๕ กรกฎาคม ค.ศ.๑๙๔๐ แต่ผู้ที่สนับสนุนพรรคคอมมิวนิสต์และสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียเท่านั้นที่มีสิทธิลงสมัครเลือกตั้ง รัฐบาลกวาดล้างและปราบปรามผู้ที่ไม่เห็นด้วยกับแนวทางของรัฐบาล ในการประชุมรัฐสภาครั้งแรกเมื่อวันที่ ๒๑ กรกฎาคม รัฐสภามีมติให้ลิทัวเนียเข้ารวมกับสหภาพโซเวียตและสภาโซเวียตสูงสุดของสหภาพโซเวียตมีมติรับลิทัวเนียเข้าเป็นสมาชิกเมื่อวันที่ ๓ สิงหาคม อย่างไรก็ตาม สหรัฐอเมริกาและประเทศตะวันตกอื่น ๆ ปฏิเสธที่จะยอมรับการผนวกลิทัวเนียและรัฐบอลติกอีก ๒ ประเทศ โดยถือว่าเป็นสิ่งที่ไม่ชอบธรรมตามกฎหมายและยังคงยอมรับสถานภาพการดำรงอยู่ของ ๓ สาธารณรัฐบอลติกโดยนิตินัยจนถึง ค.ศ. ๑๙๙๑
     สหภาพโซเวียตได้ใช้นโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียต (Sovietnization) ปกครองลิทัวเนีย มีการยุบกองทัพลิทัวเนียรวมเข้ากับกองทัพแดงและโอนธุรกิจการค้าและอุตสาหกรรมรวมทั้งกิจการธนาคารเป็นของรัฐ บ้านและที่อยู่อาศัยของประชาชนในเมืองถูกยึดเป็นที่พักอาศัยของเจ้าหน้าที่โซเวียตและเจ้าของเดิมถูกเนรเทศไปอยู่ชานเมือง หน่วยตำรวจลับที่จัดตั้งขึ้นได้สอดส่องควบคุมประชาชนและจับกุมประชาชนที่ต่อต้านรัฐบาลด้วยการส่งไปเป็นแรงงานที่ไซบีเรีย และค่ายกักกันแรงงาน (Collective Labour Camp)* ประมาณว่าในช่วง ๑๒ เดือนแรกของการปกครอง ประชาชน ๑๒,๐๐๐ คนถูกจับคุมขังด้วยข้อหาเป็นอาชญากรทางการเมืองและเศรษฐกิจและระหว่างวันที่ ๑๔-๑๘ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๑ พลเมืองลิทัวเนียที่ได้ชื่อว่าต่อต้านรัฐบาลคอมมิวนิสต์และสหภาพโซเวียต รวม ๓๕,๐๐๐ คนถูกเนรเทศไปไซบีเรียและดินแดนส่วนอื่นๆ ของโซเวียตและกว่า ๔,๐๐๐ คนถูกคุมขัง
     เมื่อเยอรมนีบุกโจมตีสหภาพโซเวียตในวันที่ ๒๒ มิถุนายน ค.ศ. ๑๙๔๑ ลิทัวเนียสนับสนุนเยอรมนีเพราะถือว่าเป็นผู้ช่วยปลดปล่อยจากอำนาจโซเวียต และจัดตั้งกลุ่มแนวร่วมของนักกิจกรรมลิทัวเนีย (Front of Lithunian Activists) ขึ้นเพื่อเคลื่อนไหวต่อต้านโซเวียตอย่างเปิดเผย ขณะเดียวกันมีการจัดตั้งรัฐบาลเฉพาะกาลขึ้นที่เมืองเคานาสและประกาศเอกราชโดยคาดหวังว่าเยอรมนีจะให้การค้ำประกัน แต่เยอรมนีกลับล้มรัฐบาลเฉพาะกาลและยึดครองลิทัวเนียทั้งเกณฑ์พลเมืองชายชาวลิทัวเนียเข้าร่วมในกองทัพเยอรมันและกวาดต้อนพลเมืองกว่า ๗๕,๐๐๐ คนไปเป็นแรงงานใน เยอรมนี นอกจากนี้ เยอรมนียังสังหารชาวยิวในลิทัวเนียเกือบ ๒๔๐,๐๐๐ คน และชนชาติกลุ่มน้อยอื่น ๆ อีกเกือบ ๑๐,๐๐๐ คน การยึดครองของเยอรมนีและการใช้นโยบายรีดเค้นทรัพยากรทั้งวัตถุดิบและกำลังคนเพื่อสนับสนุนการทำสงครามทำให้ชาวลิทัวเนียชาตินิยมจัดตั้งขบวนการใต้ดินต่อต้านนาซีและสหภาพโซเวียตก็สนับสนุนพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียให้มีบทบาทต่อต้านนาซีเยอรมันด้วย ในเวลาต่อมา กลุ่มต่อต้านฝ่ายต่าง ๆ ซึ่งรวมทั้งพรรคสังคมประชาธิปไตยได้รวมตัวกันตั้งเป็นคณะกรรมาธิการสูงสุดเพื่อปลดปล่อยลิทัวเนีย (Supreme Committee for the Liberation of Lithuania) ขึ้นในปลาย ค.ศ. ๑๙๔๓ คณะกรรมาธิการสูงสุดดังกล่าวไม่เพียงเคลื่อนไหวต่อต้านนาซีเท่านั้นแต่ยังดำเนินการต่อต้านนโยบายทางเศรษฐกิจ การทหารและแรงงานของเยอรมนีด้วย ใน ค.ศ. ๑๙๔๔ เยอรมนี เริ่มเพลี่ยงพล้ำในสงคราม สหภาพโซเวียตจึงเห็นเป็นโอกาสเข้ายึดครองลิทัวเนียตะวันออกในฤดูร้อน ค.ศ. ๑๙๔๔ และเข้าปลดปล่อยไคลเปดาในเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๔๕ ต่อมาสหภาพโซเวียตได้ใช้ข้ออ้างความตกลงในการประชุมที่ยัลตา (Yalta Conference ๔-๑๑ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๔๕)* และการประชุมที่พอทสดัม (Potsdam Conference ๑๗ กรกฎาคม -๒ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๔๕)* ผนวกลิทัวเนียเป็นส่วนหนึ่งของตนและเรียกชื่อว่าสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตลิทัวเนีย
     ในช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ ๒ สหภาพโซเวียตได้ใช้นโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียตอย่างเข้มงวดและปรับระบบเศรษฐกิจลิทัวเนียให้สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจ ๕ ปี (Five YearPlan)* ของโซเวียตโดยสหภาพโซเวียตเป็นผู้กำหนดและควบคุมการผลิตและการจัดจำหน่าย ใน ค.ศ. ๑๙๔๖ มีการออกกฎหมายปฏิรูปที่ดินเพื่อป้องกันชาวนาถือครองที่ดินมากเกินไปและบังคับชาวนาให้เข้าร่วมระบบการผลิตแบบนารวม (collectivization) ขณะเดียวกันก็ยกเลิกสิทธิเสรีภาพของประชาชนด้วยการห้ามชุมนุมและการแสดงออกทางความคิดเห็น รวมทั้งควบคุมสื่อสิ่งพิมพ์ ทั้งบังคับใช้ภาษารัสเซียและวัฒนธรรมโซเวียต ใน ค.ศ. ๑๙๔๙ มีการปิดโบสถ์และวิหารและห้ามประชาชนนับถือรูปเคารพรวมทั้งเนรเทศพระและนักบวชจำนวนมากออกนอกประเทศ นอกจากนี้ มีการจัดตั้งหน่วยตำรวจลับสอดส่องควบคุมประชาชนทุกระดับชั้นของสังคมและแต่งตั้งสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตให้เข้าควบคุมพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียตลอดจนกำจัดพรรคการเมืองอื่น ๆ นโยบายการปกครองอย่างเข้มงวดดังกล่าวทำให้ชาวลิทัวเนียเคลื่อนไหวต่อต้านในรูปแบบสงครามกองโจรโดยเฉพาะในเขตชนบทและหัวเมืองแต่รัฐบาลพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียซึ่งมีอันตานัส สนีชคุส (Antanas Sniečkus)* เป็นผู้นำก็ปราบปรามอย่างเด็ดขาด ระหว่าง ค.ศ. ๑๙๔๔-๑๙๕๓ พลเมืองลิทัวเนียประมาณ ๓๕๐,๐๐๐ คนถูกเนรเทศไปไซบีเรีย คาซัคสถาน (Kazakhstan) และแถบอาร์กติกเหนือ รัฐบาลโซเวียตก็สนับสนุนให้แรงงานรัสเซียอพยพเข้ามาตั้งถิ่นฐานแทน
     ในต้น ค.ศ. ๑๙๕๖ เมื่อนีกีตา เซียร์เกเยวิช ครุชชอฟ (Nikita Sergeyevich Khrushchev ค.ศ. ๑๘๙๔-๑๙๗๑)* ผู้นำสหภาพโซเวียตเริ่มนโยบายการล้มล้างอิทธิพลสตาลิน (De-Stalinization)* เพื่อกำจัดกลุ่มนิยมสตาลินทั้งในสหภาพโซเวียตและประเทศรัฐบริวาร ครุชชอฟได้ผ่อนปรนนโยบายการเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียตโดยให้ประชาชนลิทัวเนียมีสิทธิเสรีภาพในการแสดงออกมากขึ้น การผ่อนปรนดังกล่าวมีส่วนทำให้จำนวนสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียซึ่งส่วนใหญ่เป็นคอมมิวนิสต์รัสเซียเริ่มหมดบทบาทลงและชาวลิทัวเนียเข้าเป็นสมาชิกพรรคมากขึ้น ปัญญาชนลิทัวเนียที่สมัครเข้าเป็นสมาชิกต่างเห็นว่าการเป็นสมาชิกจะทำให้มีความมั่นคงทางสังคมและก้าวหน้าในงานอาชีพ และบ้างเห็นว่าเป็นโอกาสที่จะเคลื่อนไหวต่อต้านโซเวียตภายในองค์การพรรค จำนวนสมาชิกพรรคที่เป็นชาวลิทัวเนียจึงเพิ่มมากขึ้นตามลำดับจากร้อยละ ๓๘ ใน ค.ศ. ๑๙๕๓ เป็นร้อยละ ๖๓.๗ ใน ค.ศ. ๑๙๖๕ และร้อยละ ๗๐.๕ ใน ค.ศ. ๑๙๘๕ สนีชคุสผู้นำพรรคซึ่งเฉลียวฉลาดพยายามดำเนินนโยบายประสาน ประโยชน์กับโซเวียตและขณะเดียวกันก็เคลื่อนไหวเพื่อความเป็นอิสระของลิทัวเนีย อย่างไรก็ตาม เมื่อนักศึกษาในกรุงวิลนีอุสและประชาชนในภูมิภาคเคานาสก่อการลุกฮือสนับสนุนการลุกฮือของชาวฮังการี (Hungarian Uprising)* ในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๕๖ สหภาพโซเวียตจึงปราบปรามและยกเลิกนโยบายการผ่อนคลายทางสังคมและการเมือง เมื่อเลโอนิด อิลยิช เบรจเนฟ (Leonid Illyich Brezhnev ค.ศ. ๑๙๐๖-๑๙๘๒)* ผู้นำโซเวียตคนใหม่ที่นิยมสตาลินก้าวสู่อำนาจใน ค.ศ. ๑๙๖๔ เบรจเนฟก็ดำเนินนโยบายเปลี่ยนทุกอย่างให้เป็นแบบโซเวียตอย่างเข้มงวดอีกครั้งหนึ่งและเร่งพัฒนาระบบเศรษฐกิจลิทัวเนียให้เป็นอุตสาหกรรมด้านต่าง ๆ โดยเฉพาะอุตสาหกรรมเคมีและไฟฟ้ารวมทั้งต่อมาได้สร้างโรงงานไฟฟ้านิวเคลียร์แบบโรงงานไฟฟ้าเชียร์โนบีล (Chernobyl) ของโซเวียตขึ้นใกล้กับเมืองอิกนาลีนา (Ignalina) ทางตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศ โรงงานไฟฟ้านิวเคลียร์ดังกล่าวนับเป็นโรงงานไฟฟ้าที่ใหญ่ที่สุดในยุโรปซึ่งสร้างความหวาดผวาให้เกิดขึ้นทั่วไป การเติบโตทางอุตสาหกรรมและการขยายตัวของเมืองและนครจากร้อยละ ๓๙ ใน ค.ศ. ๑๙๕๙ เป็นร้อยละ ๖๘ ใน ค.ศ. ๑๙๘๙ ยังนำมาซึ่งปัญหามลภาวะและสภาพแวดล้อม ปัญญาชนลิทัวเนียในเวลาต่อมาจึงเริ่มเคลื่อนไหวรณรงค์พิทักษ์สิ่งแวดล้อมและ ธรรมชาติและต่อต้านแนวทางการพัฒนาลิทัวเนียของโซเวียต


     ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๖๘สหภาพโซเวียตส่งกองทัพองค์การสนธิสัญญาวอร์ซอ (Warsaw Treaty Organization - WTO)* บุกปราบปรามเชโกสโลวะเกีย (Czechoslovakia)* เพื่อบังคับให้อะเล็กซานเดอร์ ดูบเชก (Alexander Dubček)* ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์หัวปฏิรูปยุติกระบวนการปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิปไตย และประกาศหลักการเบรจเนฟ (Brezhnev Doctrine)* เพื่อควบคุมการแยกตัวของประเทศยุโรปตะวันออก ปัญญาชนในเชโกสโลวะเกียจึงเคลื่อนไหวใต้ดินต่อต้านสหภาพโซเวียตด้วยการจัดทำวารสารและสิ่งพิมพ์ใต้ดินที่เรียกว่าซามิซดัต (Zamizdat) เผยแพร่เพื่อตอบโต้ระบบการเซนเซอร์และการควบคุมทางสังคมรวมทั้งเป็นสื่อเพื่อเคลื่อนไหวสิทธิมนุษยชน การจัดทำซามิซดัตดังกล่าวจึงเป็นแนวทางที่ปัญญาชนลิทัวเนียนำมาใช้ในการเคลื่อนไหวต่อต้านโซเวียต ในกลางทศวรรษ ๑๙๗๐ ปัญญาชนลิทัวเนียจัดทำสิ่งพิมพ์ใต้ดินในรูปแบบต่าง ๆ ออกมาเป็นจำนวนมาก และซามิซดัตฉบับสำคัญและมีชื่อเสียงโดดเด่นคือ Chronicle of The Catholic Church of Lithuania ซึ่งเริ่มจัดทำในต้น ค.ศ. ๑๙๗๒ และพิมพ์เผยแพร่ถึง ๒๐ ปีโดยตำรวจลับไม่สามารถสืบหาเบาะแสบรรณาธิการได้ การเคลื่อนไหวของปัญญาชนเพื่อปกป้องและเผยแพร่ภาษา ขนบ ประเพณี และวัฒนธรรมลิทัวเนียจึงขยายตัวอย่างกว้างขวางและช่วยสร้างจิตสำนึกของความรักชาติให้เกิดขึ้นในหมู่ประชาชน ขณะเดียวกันศาสนจักรก็มีบทบาททางการเมืองมากขึ้น โดยเรียกร้องให้รัฐบาลโซเวียตยกเลิกการจำกัดจำนวนผู้ที่ประสงค์จะบวช การห้ามพิมพ์หนังสือศาสนา การจับกุมและเนรเทศนักบวชและอื่น ๆ ในต้น ค.ศ. ๑๙๗๒ ประชาชน ๑๗,๐๕๔ คนร่วมลงนามในจดหมายเปิดผนึกถึงประธานาธิบดีเบรจเนฟผ่านเคิร์ต วัลด์ไฮม์ (Kurt Waldheim)* เลขาธิการองค์การสหประชาชาติ (United Nations)* เพื่อเรียกร้องเสรีภาพทางศาสนา ในเดือนมีนาคมปีเดียวกัน โรมาส คาลันตา (Romas Kalanta) นักเรียนชั้นมัธยมปลายวัย ๑๙ ปี ก็จุดไฟเผาตัวตายเพื่อประท้วงการที่สหภาพโซเวียตยึดครองลิทัวเนีย และเรียกร้องให้นานาชาติตระหนักถึงปัญหาของลิทัวเนีย ในเดือนพฤษภาคมชาวลิทัวเนียในหัวเมืองอีกหลายคนก็ใช้วิธีการกระทำอัตวินิบาตกรรมตามแบบคาลันตาเพื่อต่อต้านการเพิกเฉยของสหภาพโซเวียตในการแก้ไขปัญหาทางการเมือง การจลาจลต่อต้านสหภาพโซเวียตและพรรคคอมมิวนิสต์ได้ขยายตัวไปทั่วประเทศและเป็นข่าวใหญ่ในยุโรป แต่สหภาพโซเวียตก็จับกุมกวาดล้างผู้ชุมนุมและสามารถควบคุมสถานการณ์ได้
     ในปลาย ค.ศ. ๑๙๗๕ สหภาพโซเวียตร่วมลงนามกับสหรัฐอเมริกาและประเทศตะวันตกอื่น ๆ ในข้อตกลงเฮลซิงกิ (Helsinki Agreement)* ซึ่งยอมรับในหลักสิทธิมนุษยชนและเสรีภาพขั้นพื้นฐานของประชาชนทางความคิด การนับถือศาสนา และเสรีภาพ ทางการเมือง ปัญญาชนจึงเห็นเป็นโอกาสจัดตั้งกลุ่มเฮลซิงกิลิทัวเนีย (Lithuanian Helsinki Group) ขึ้นในเดือนธันวาคม ค.ศ. ๑๙๗๖ เพื่อเฝ้าติดตามการดำเนินงานด้านสิทธิมนุษยชนของสหภาพโซเวียตและเคลื่อนไหวเพื่อสิทธิเสรีภาพในประเทศ กลุ่มดังกล่าวได้ประสานงานการเคลื่อนไหวกับกลุ่มสิทธิมนุษยชนอื่น ๆ ในรัฐบอลติกและสหภาพโซเวียต และในเวลาอันสั้นก็เป็นแกนนำสำคัญในการประสานงานเคลื่อนไหวของกลุ่มปัญญาชนนอกรีต (dissidents) อื่น ๆ ใน ค.ศ. ๑๙๗๙ ซึ่งเป็นวาระครบรอบ ๔๐ ปีของกติกาไม่รุกรานกันระหว่างนาซี-โซเวียตหรือกติการิบเบนทรอพโมโลตอฟ กลุ่มเฮลซิงกิลิทัวเนียผลักดันให้ผู้แทนกลุ่มปัญญาชนในเอสโตเนียและลิทัวเนีย รวมทั้งกลุ่มสิทธิ มนุษยชนในสหภาพโซเวียตซึ่งมีอันเดรย์ซาคารอฟ (Andrei Sakarov)* เป็นผู้นำรวม ๔๕ คน ร่วมลงนามเรียกร้องให้สหภาพโซเวียตและรัฐบาลเยอรมนีตีพิมพ์เผยแพร่รายละเอียดกติการิบเบนทรอฟ-โมโลตอฟทั้งหมด และให้ประเทศสมาชิกองค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือหรือนาโต (North Atlantic Treaty Organization - NATO)* ประณามกติการิบเบนทรอฟโมโลตอฟและผลสืบเนื่องจากกติกาดังกล่าว รวมทั้งให้องค์การสหประชาชาติพิจารณาปัญหาเอกราชของ ๓ สาธารณรัฐบอลติก การเคลื่อนไหวครั้งนี้นับเป็นจุดเริ่มต้นของการเรียกร้องเอกราชกลับคืนแก่สาธารณรัฐบอลติกทั้ง ๓ ประเทศ นอกจากนี้ กลุ่มเฮลซิงกิลิทัวเนียยังเคลื่อนไหวต่อต้านการบุกอัฟกานิสถานของสหภาพโซเวียตและเรียกร้องให้กองทหารโซเวียตถอนกำลังออกจากสาธารณรัฐบอลติกด้วย
     ใน ค.ศ. ๑๙๘๕ เมื่อประธานาธิบดีมีฮาอิลเซียร์เกเยวิชกอร์บาชอฟ (Mikhail Sergeyevich Gorobachev ค.ศ. ๑๙๓๑-)* ผู้นำคนใหม่ของสหภาพโซเวียตสืบต่อจากคอนสตันติน อุสตีโนวิช เชียร์เนนโค (Konstantin Ustinovich Chernenko ค.ศ. ๑๙๑๑-๑๙๘๕)* เริ่มนโยบายกลาสนอสต์-เปเรสตรอยกา (Glasnost-Perestroika) หรือนโยบายเปิด-ปรับเพื่อปฏิรูปประเทศให้เป็นประชาธิบไตยทั้งในสหภาพโซเวียตและรัฐบริวารโซเวียต (Soviet Bloc) ปัญญาชนลิทัวเนียได้ใช้เงื่อนไขของนโยบายกลาสนอสต์-เปเรส-ตรอยกาเคลื่อนไหวเรียกร้องรัฐบาลให้ปฏิรูประบบเศรษฐกิจและการเมือง ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๘๗ กลุ่มปัญญาชนใน ๓ สาธารณรัฐบอลติกจัดชุมชุมขึ้นที่กรุงริกา (Riga) เมืองหลวงของลัตเวีย กรุงทาลลินน (Tallinn) เมืองหลวงของเอสโตเนีย และกรุงวิลนีอัสต่อต้านกติกาสัญญาไม่รุกรานต่อกันระหว่างนาซีโซเวียตและเรียกร้องอำนาจอธิปไตย การชุมนุมครั้งนี้เป็นการรวมพลังทางการเมืองร่วมกันครั้งแรกของประชาชนทั้ง ๓ สาธารณรัฐบอลติก และทำให้กระแสการเคลื่อนไหวเพื่อเอกราชเริ่มกลายเป็นประเด็นสำคัญทางการเมืองในวันที่ ๑๖ กุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๘๘ มีการจัดชุมนุมเฉลิมฉลองวันเอกราช แม้พรรคคอมมิวนิสต์พยายามขัดขวางแต่ก็ประสบความล้มเหลว ผลสืบเนื่องที่สำคัญของการชุมนุมครั้งนี้คือปัญญาชน และสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์แนวปฏิรูปรวมตัวกันจัดตั้งกลุ่มที่เรียกว่า "ขบวนการลิทัวเนียเพื่อการปรับเปลี่ยน" (Lithuanian Movement for Restructuring) หรือที่เรียกกันทั่วไปว่า ซายูดิส (Sajudis) ขึ้นเมื่อวันที่ ๒๓ พฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๘๘ โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อเคลื่อนไหวสนับสนุนนโยบายของกอร์บาชอฟและเพื่อสร้างความเป็นประชาธิปไตยในสังคมลิทัวเนีย ตลอดจนรณรงค์ส่งเสริมให้ประชาชนตระหนักและเข้าใจในประเด็นปัญหาระดับชาติเรื่องต่าง ๆ เช่น การต่อต้านการสร้างเตาปฏิกรณ์นิวเคลียร์เครื่องที่ ๓ ที่ เมืองอิกนาลีนา การเรียกร้องให้เปิดเผยข้อเท็จจริงในสมัยการปกครองของสตาลิน การเคลื่อนไหวให้ใช้ภาษาลิทัวเนียเป็นภาษาราชการ ซายูดิสพยายามประสานการเคลื่อนไหวทางการเมืองกับสันนิบาตเพื่อเสรีภาพลิทัวเนีย (Lithuanian Freedom League - LFL) ซึ่งมีแนวนโยบายรุนแรงใหใช้แนวทางสายกลางในการต่อสู้เพื่อเอกราชและอยู่ในกรอบของกฎหมาย
     ในการเลือกตั้งผู้แทนสภาประชาชน (Congress of People’s Deputies) ในสหภาพโซเวียตเดือนมีนาคมถึงพฤษภาคม ค.ศ. ๑๙๘๙ ผู้แทนซายูดิสได้รับเลือกเป็นจำนวนมากกว่าผู้แทนจากพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนีย ผลการเลือกตั้งดังกล่าวนำไปสู่การเปลี่ยนแปลงทางการเมืองภายในประเทศเพราะทำให้พรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียต้องหันมาร่วมมือกับกลุ่มซายูดิสมากขึ้น และต่อมาในเดือนกรกฎาคม รัฐบาลลิทัวเนียก็ประกาศแก้ไขรัฐธรรมนูญโดยให้กฎหมายของสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตลิทัวเนียอยู่เหนือกฎหมายของสหภาพสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตและถือว่าการรวมเป็นส่วนหนึ่งของดินแดนในสหภาพโซเวียตเป็นสิ่งที่ไม่ชอบธรรมทางกฎหมาย ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๘๙ ซึ่งเป็นวาระครบรอบ ๕๐ ปี ของกติกาสัญญาไม่รุกรานกันระหว่างนาซี-โซเวียตกลุ่มแนวร่วมประชาชนของทั้ง ๓ รัฐบอลติกได้รวมพลังประชาชน ๑.๒๕ ล้านคนต่อต้านกติกาสนธิสัญญาฯ ด้วยการจับมือเป็นลูกโซ่ยาว ๗๐๐ กิโลเมตรตั้งแต่กรุงทาลลินน์ถึงกรุงริกาและกรุงวิลนีอุส สหภาพโซเวียตตอบโต้การต่อต้านอย่างสันติที่ เรียกว่า "สายโซ่บอลติก" (Baltic Chain) ด้วยการข่มขู่จะใช้กำลังเข้าปราบปรามการเคลื่อนไหวที่บ่อนทำลายเอกภาพของระบอบสังคมนิยมและอ้างว่าการผนวก ๓ รัฐบอลติกใน ค.ศ. ๑๙๔๐ เป็นสิ่งที่ถูกต้องทางกฎหมาย
     การข่มขู่ของสหภาพโซเวียตกลับทำให้กระแสการต่อต้านและความต้องการที่จะแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตขยายตัวอย่างรวดเร็ว พรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียซึ่งสมาชิกส่วนใหญ่สนับสนุนการประกาศอำนาจอธิปไตยของลิทัวเนียจึงมีมติประกาศแยกตัวออกจากพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตและปฏิรูปทางการเมืองโดยให้มีพรรคการเมืองหลายพรรคเพื่อทำลายการผูกขาดอำนาจของพรรคคอมมิวนิสต์ ในต้นเดือนมกราคม ค.ศ. ๑๙๙๐ ประธานาธิบดีกอร์บาชอฟไปเยือนลิทัวเนียเพื่อเจรจาแก้ไขปัญหาการจะแยกตัวของลิทัวเนีย เขายืนยันสนับสนุนการเรียกร้องอำนาจอธิปไตยของประชาชนลิทัวเนียรวมทั้งการแยกตัวออก แต่เรียกร้องให้ชะลอเวลาไว้ก่อนเพราะสหภาพโซเวียตกำลังดำเนินการร่างรัฐธรรมนูญฉบับใหม่ที่จะให้อำนาจทางเศรษฐกิจและการเมืองแก่สาธารณรัฐโซเวียตทั้ง ๑๕ แห่ง ทั้งให้อำนาจการปกครองตนเองมากขึ้น แต่ลิทัวเนียเห็นว่าสหภาพโซเวียตพยายามถ่วงเวลาเรื่องการแยกตัวออกและไม่ยอมรับประวัติศาสตร์ของลิทัวเนียซึ่งถูกบีบบังคับด้วยกำลังให้ตกเป็นดินแดนของสหภาพโซเวียต ลิทัวเนียจึงยืนยันการแยกตัวเป็นเอกราช ในช่วงเวลาเดียวกันบอริส เยลต์ซิน (Boris Yeltsin)* ผู้นำกลุ่มฝ่ายค้านคนสำคัญในรัฐสภาโซเวียตก็ประกาศสนับสนุนการแยกตัวเป็นเอกราชของทั้ง ๓ สาธารณรัฐบอลติก การสนับสนุนของเยลต์ซินมีส่วนทำให้สภาโซเวียตสูงสุดแห่งลิทัวเนีย (Lithuanian Supreme Soviet) ซึ่งเพิ่งเลือกตั้งเสร็จสิ้นในเดือนกุมภาพันธ์ ค.ศ. ๑๙๙๐ และสมาชิกส่วนใหญ่จำนวน ๒ ใน ๓ เป็นผู้แทนของซายูดิสมีมติเอกฉันท์ประกาศความเป็นเอกราชเมื่อวันที่ ๑๑ มีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๐ และเปลี่ยนชื่อประเทศเป็นสาธารณรัฐลิทัวเนีย (Republic of Lithuania) ลิทัวเนียจึงเป็นประเทศแรกในเครือสาธารณรัฐสังคมนิยมโซเวียตที่ประกาศอำนาจอธิบไตยของชาติ
     สหภาพโซเวียตตอบโต้ด้วยการใช้มาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจแก่ลิทัวเนียซึ่งกินระยะเวลา ๓ เดือน เพื่อบีบบังคับให้ลิทัวเนียเลื่อนเวลาการปกครองตนเอง ลิทัวเนียต่อต้านด้วยการชุมนุมเคลื่อนไหวอย่างสงบและผนึกกำลังด้วยการร้องเพลงชาติปลุกเร้าเพื่อสร้างความสามัคคี แนวทางการต่อต้านด้วยสันติวิธีดังกล่าวเรียกกันว่าเป็น "การปฏิวัติด้วยเสียงเพลง" (Singing Revolution) วีเทาทัส ลันด์เบอร์กิส (Vytautas Landsbergis) ประธานาธิบดีลิทัวเนียและผู้นำกลุ่มซายูดิสพยายามแก้ไขปัญหาทางการเมืองด้วยการประกาศว่าจะมีช่วงเวลาดำเนินการเพื่อปรับระบอบการปกครองที่เรียกว่า "สมัยการเปลี่ยนผ่าน" โดยลิทัวเนียยังยอมรับอำนาจการปกครองของรัฐบาลโซเวียตจนกว่าจะปรับระบบการเมือง การคลังและอื่น ๆ ให้มั่นคงก่อนจะประกาศเอกราชอย่างเป็นทางการ อย่างไรก็ตาม สมาชิกหัวอนุรักษ์ของพรรคคอมมิวนิสต์โซเวียตและพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียที่ต่อต้านการแยกตัวเรียกร้องให้กอร์บาชอฟใช้มาตรการเด็ดขาดแก่ลิทัวเนียต่อมา ในวันที่ ๑๐ มกราคม ค.ศ. ๑๙๙๑ สหภาพโซเวียตได้ใช้กำลังทหารโค่นรัฐบาลลิทัวเนียและปราบปรามการชุมนุมเคลื่อนไหวของประชาชนลิทัวเนียที่วิลนีอัสซึ่งมีผู้เสียชีวิต ๑๔ คนและบาดเจ็บราว ๗๐๐ คน ทั้งบุกทำลายหอคอยสถานีวิทยุและโทรทัศน์ด้วย แต่ก็ล้มเหลวที่จะล้มอำนาจรัฐบาลลิทัวเนียและบดขยี้การเคลื่อนไหวต่อต้านอย่างสันติของประชาชน สหรัฐอเมริกาและนานาประเทศต่างเคลื่อนไหวประณามการใช้กำลังของสหภาพโซเวียตอย่างรุนแรง การใช้กำลังรุนแรงครั้งนี้ทำให้ลิทัวเนียปฏิเสธที่จะลงนามรับรองร่างสนธิสัญญาใหม่แห่งสหภาพ (New Treaty of Union) ของสหภาพโซเวียตในเดือนมีนาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ ขณะเดียวกันลัตเวีย เอสโตเนีย อาร์เมเนีย จอร์เจียและมอลเดเวีย (Moldavia)* ก็ปฏิเสธที่จะลงนามรับรองด้วย
     ในเดือนสิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๑ กลุ่มคอมมิวนิสต์โซเวียตหัวอนุรักษ์และกองทัพร่วมมือกันก่อรัฐประหารในกรุงมอสโกเพื่อโค่นอำนาจประธานาธิบดีกอร์บาชอฟซึ่งถูกควบคุมตัวที่บ้านพักในไครเมีย แต่ประสบความล้มเหลวเพราะประชาชนรวมพลังกันต่อต้านจนได้รับชัยชนะ ในช่วงการเกิดรัฐประหารในกรุงมอสโก ลิทัวเนียจึงเห็นเป็นโอกาสประกาศการสิ้นสุดของสมัยการเปลี่ยนผ่านและถือว่าได้รับเอกราชโดยสมบูรณ์ ต่อมาในวันที่ ๒ กันยายน ค.ศ. ๑๙๙๑ สหรัฐอเมริกาก็ประกาศรับรองความเป็นเอกราชของลิทัวเนีย ลัตเวีย และเอสโตเนีย และสถาปนาความสัมพันธ์ทางการทูตอย่างเป็นทางการกับ ๓ สาธารณรัฐบอลติก อีก ๔ วันต่อมาสหภาพโซเวียตก็จำต้องประกาศรับรองสถานภาพของลิทัวเนีย ต่อมาในวันที่ ๑๗ กันยายน ปีเดียวกันลิทัวเนียก็เข้าเป็นสมาชิกขององค์การสหประชาชาติและในเดือนพฤศจิกายน ค.ศ. ๑๙๙๒ ก็ลงนามในความตกลงว่าด้วยความร่วมมือทางการค้าและเศรษฐกิจกับสหภาพยุโรป (European Unions)*
     หลังการแยกตัวออกจากสหภาพโซเวียตลิทัวเนียได้เริ่มปรับโครงสร้างเศรษฐกิจแบบรวมศูนย์ให้เป็นระบบเศรษฐกิจแบบตลาดเสรี และดำเนินการแปรรูปรัฐวิสาหกิจโดยเปิดกว้างสำหรับประชาชนทั่วไปรัฐบาลดำเนินมาตรการปล่อยให้ราคาสินค้าลอยตัวโดยเสรี และส่งเสริมการแข่งขันของธุรกิจเอกชน ทั้งยกเลิกการสนับสนุนอุตสาหกรรมและรัฐวิสาหกิจขณะเดียวกันตั้งแต่เดือนมิถุนายน ค.ศ. ๑๙๙๓ รัฐบาลยกเลิกการพยุงราคาสินค้า เช่น ขนมปัง น้ำตาล ทั้งเน้นความเข้มงวดในการใช้นโยบายการเงินและการคลังเพื่อป้องกันภาวะเงินเฟ้ออย่างรุนแรงด้วยการออกเงินสกุลแห่งชาติลิทัวเนียที่เรียกว่า ลิทาส และควบคุมกระแสหมุนเวียนทางการเงินอย่างเข้มงวด ในกลาง ค.ศ. ๑๙๙๓ รัฐบาลยังเปิดตลาดซื้อขายหลักทรัพย์เพื่อระดมเงินทุนในประเทศโดยกำหนดให้บริษัทที่จดทะเบียนอยู่ใน ตลาดหลักทรัพย์ต้องมีทุนจดทะเบียนอย่างน้อย ๒๕๐,๐๐๐ ลิทาส รัฐยังคงควบคุมกิจการรัฐวิสาหกิจขนาดใหญ่ และโอนกิจกรรมที่มีขนาดเล็กให้แก่เอกชน นอกจากนี้ มีการทำความตกลงการค้าเสรีกับเอสโตเนียและลัตเวียเมื่อวันที่ ๑๓ กรกฎาคม ค.ศ. ๑๙๙๓ เพื่อรวมตลาดของทั้ง ๓ ประเทศเข้าด้วยกันโดยยกเลิกข้อจำกัดทางการค้าระหว่างกัน นโยบายเศรษฐกิจดังกล่าวทำให้ระบบเศรษฐกิจของประเทศเริ่มฟื้นตัวขึ้น อัตราเงินเฟ้อลดลงเป็นลำดับจากร้อยละ ๔๕.๑๐ ใน ค.ศ. ๑๙๙๔ เหลือร้อยละ ๓๕.๗ ใน ค.ศ. ๑๙๙๕ และร้อยละ ๒๐ ใน ค.ศ. ๑๙๙๖ ค่าเงินสกุลลิทาสที่มีเสถียรภาพขึ้นได้มีส่วนโน้มน้าวให้การลงทุนจากต่างชาติมีมากขึ้น ในต้นทศวรรษ ๒๐๐๐ รัฐบาลใช้นโยบายลดภาษีเพื่อกระตุ้นกิจกรรมด้านธุรกิจและเพิ่มการผลิต ตลอดจนปรับปรุงระบบภาษีทั้งภาษีนิติบุคคลและภาษีรายได้ส่วนบุคคล ขณะเดียวกันก็จัดตั้งเขตปลอดภาษีเพื่อดึงดูดนักลงทุนต่างชาติเข้ามาลงทุนในเขตปลอดภาษีที่กำหนดรวม ๖ แห่ง โดยยกเว้นภาษีส่งออกและนำเข้า และให้สิทธิพิเศษอื่น ๆ
     ใน ค.ศ. ๑๙๙๒ ลิทัวเนียประกาศใช้รัฐธรรมนูญฉบับใหม่ซึ่งปกครองระบอบประชาธิปไตยแบบรัฐสภามีประธานาธิบดีซึ่งมาจากการเลือกตั้งโดยตรงเป็นประมุขของประเทศดำรงตำแหน่งวาระ ๕ ปี รัฐสภาที่เรียกว่า เซมาส เป็นระบบสภาเดียวโดยมีสมาชิกสภาทั้งหมด ๑๔๑ คน (๗๑ คนเลือกตั้งโดยตรง และอีก ๗๐ คนเลือกตั้งแบบสัดส่วน) ดำรงตำแหน่งวาระ ๔ ปี พรรคการเมืองที่ได้รับเลือกตั้งต้องมีคะแนนเสียงไม่ต่ำกว่าร้อยละ ๕ ประธานสภาเป็นผู้แต่งตั้งนายกรัฐมนตรีในการเลือกตั้งทั่วไปครั้งแรกหลังเอกราชในเดือนตุลาคม ค.ศ. ๑๙๙๒ อัลเกียร์ดัส บราเซาสคัส (Algirdas Brazauskas) ผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์ลิทัวเนียซึ่งเปลี่ยนชื่อเป็นพรรคแรงงานประชาธิปไตยลิทัวเนีย (Lithuanian Democratic Labour Party - LDDP) ได้เป็นประธานาธิบดีคนแรกของประเทศ พรรคการเมืองสำคัญอื่น ๆ คือพรรคประชาธิปไตยคริสเตียน (Christian Democrats Party) พรรคสหภาพปิตุภูมิ (Union Homeland Party) พรรคสหภาพเสรี (Liberal Union) และพรรคสหภาพศูนย์กลางประชาธิปไตย (Democratic Center Union) เป็นต้น ในต้น ค.ศ. ๒๐๐๓ โรลันดัส พัคซัส (Rolandas Paksas) อดีตนายกรัฐมนตรีและผู้นำพรรคสหภาพเสรีเป็นประธานาธิบดีของประเทศ แต่ในเดือนเมษายน ค.ศ. ๒๐๐๔ เขาถูกถอดถอนจากตำแหน่งด้วยข้อกล่าวหามีส่วนร่วมมือกับพวกมาเฟียรัสเซียซึ่งนับเป็นวิกฤตการณ์ทางการเมืองที่ ร้ายแรงที่สุดของลิทัวเนียหลังจากได้เอกราช วลาดัสอดัมคุส (Vladas Adamkus) อดีตประธานาธิบดีได้รับเลือกเป็นประธานาธิบดีอีกครั้งหนึ่งในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. ๒๐๐๔
     ลิทัวเนียกำหนดแนวนโยบายต่างประเทศด้วยการเน้นความสัมพันธ์ที่ ใกล้ชิดกับโปแลนด์และการเสริมสร้างความร่วมมือกับเอสโตเนีย ลัตเวีย และกลุ่มประเทศนอร์ดิก ตลอดจนการกระชับความร่วมมือกับสหพันธรัฐรัสเซีย (Russian Federation) ในทางเศรษฐกิจ พลังงานและการคมนาคมขนส่ง ในขณะเดียวกันก็เร่งให้กองทหารรัสเซียที่ประจำการในประเทศถอน กำลังออกซึ่งนำไปสู่ความตกลงระหว่าง ๒ ประเทศเมื่อวันที่ ๘ กันยายน ค.ศ. ๑๙๙๒ โดยรัสเซียจะต้องถอนกำลังให้เสร็จสิ้นภายในวันที่ ๓๑ สิงหาคม ค.ศ. ๑๙๙๓ ลิทัวเนียจึงเป็นประเทศแรกในกลุ่มสาธารณรัฐบอลติกที่ทหารรัสเซียถอนกำลังออกจากประเทศภายในเวลาที่กำหนด ใน ค.ศ. ๑๙๙๒ ลิทัวเนีย เดนมาร์ก เยอรมนี เอสโตเนีย และลัตเวียได้ร่วมมือกันจัดตั้งสภาแห่งรัฐทะเลบอลติก (Council of the Baltic Sea States) ขึ้นที่กรุงโคเปนเฮเกน (Copenhagen) เพื่อร่วมกันปกป้องสิ่งแวดล้อมและการแลกเปลี่ยนข้อมูลข่าวสารระหว่าง ภูมิภาคเพื่อความมั่นคงและความร่วมมือกันระหว่างประเทศ นอกจากทั้ง ๕ ประเทศที่ร่วมกันจัดตั้งแล้วก็มีนอร์เวย์ โปแลนด์ เยอรมนี และสหพันธรัฐรัสเซียเข้าเป็นสมาชิกด้วย ใน ค.ศ. ๑๙๙๔ ลิทัวเนีย ลัตเวีย และเอสโตเนียร่วมกันจัดตั้งกองทัพบอลติก (Baltic Battalion) ขึ้นเพื่อเป็นหน่วยรักษาสันติภาพและเสริมสร้างความมั่นคงระหว่างประเทศ ความสำเร็จของการดำเนินงานของกองทัพบอลติกได้มีส่วนทำให้ลิทัวเนียได้รับการเชิญชวนให้เข้าเป็นสมาชิกองค์การสนธิสัญญาแอตแลนติกเหนือ หรือนาโตใน ค.ศ. ๒๐๐๒ ต่อมาใน ค.ศ. ๒๐๐๓ ลิทัวเนียก็จัดการลงประชามติเพื่อเข้าเป็นสมาชิกสหภาพยุโรปซึ่งประชาชนร้อยละ ๙๑ เห็นชอบลิทัวเนียจึงเข้าเป็นสมาชิกที่สมบูรณ์ทั้งขององค์การนาโตและสหภาพยุโรปในกลาง ค.ศ. ๒๐๐๔.